四合院的歷史悠久，有著三千多年的歲月。而北京四合院的出現卻晚很多，大概在遼金時期出現，元朝時期才開始大規模正是營建。目前元代以前的四合院基本不存，也只剩下部分遺址還在。

　　1965年和1972年兩次在北京西直門內后營房發掘了元大都居住遺址，該處居住遺址位于大都豫順坊以東，大約是和義門內以北第八條胡同，這是一處四合院住宅，其占地8畝。按照元時制度“定制以八畝地為一分”，基本符合此例。

　　明朝時期，社會經濟得到較快發展。明都城從南京遷到北京，并分別從浙江、山西等處遷進數以萬計的富戶，從而有力地推動了北京經濟的發展。明朝的四合院，仍沿襲了元代四合院的形式。

　　清代定都北京后，大量吸收漢文化，完全承襲了明代北京城的建筑風格，對北京的居住建筑四合院也予以了全部繼承。自清代后期起，中國逐漸淪為半封建半殖民地社會，北京四合院的發展也逐步開始走下坡路。

　　在外族入侵和西方文化滲入的影響下，北京傳統住宅建筑也受到一定影響。這個時期建造的四合院，有的或多或少加進了一些西洋建筑的裝飾成分，最典型的就是圓明園式隨墻門的出現。受“西學東漸”之風影響較深的人為標榜自己為“新派”代表，也有一些在宅內興建“洋樓”的例子，但為數不多。總的來說，這個時期，北京的傳統民居基本保持了明清型制。

　　清朝以后，由于通貨膨脹，物價上漲，市民經濟狀況每況愈下，很多原來住獨門獨院的居民已沒有能力養更多的房子，只好將多余的房子出租，以租金來補貼生活。居民的住房越來越少，院里的房客越來越多。獨門獨戶的四合院開始變成多戶雜居的大雜院，四合院的居住性質發生了變化。

　　后來四合院又經歷一次次破壞，直到近些年才得到有效保護。現如今，北京所存的四合院已經不多，基本上有價無市。購買者多，而四合院少，且限制頗多，非普通人可擁有。當然，喜歡四合院的人可以在其他地方自建四合院，比起北京那些稀缺品，自建四合院的價格顯然更容易承受。