四合院歷史悠久，早在3000多年前的中國西周時期就有完整的四合院出現。陜西岐山鳳雛村周原遺址出土的兩進院落建筑遺跡，是中國已知最早、最嚴整的四合院實例，具有典型的代表性。

　　漢代四合院建筑有了更新的發展，受到風水學說的影響，四合院從選址到布局，有了一整套陰陽五行的說法。唐代四合院上承兩漢，下啟宋元，其格局是前窄后方。初唐以前的四合院是廊院式院落，即院子中軸線為主體建筑，周圍為回廊鏈接，或左右有屋，而非四面建房。晚唐出現具有廊廡的四合院，逐漸取代了廊院，宋朝以后，廊院逐漸減少，到明清逐漸絕跡。

　　元明清時期四合院逐漸成熟。元世祖忽必烈“詔舊城居民之過京城老，以貲高(有錢人)及居職(在朝廷供職)者為先，乃定制以地八畝為一分”，分給前往大都的富商、官員建造住宅，由此開始了北京傳統四合院住宅大規模形成時期。1970年代初，北京后英房胡同出土的元代四合院遺址，可視為北京四合院的雛形。

　　后經明、清完善，逐漸形成北京特有的四合院建筑風格。明都城從南京遷到北京，并分別從浙江、山西等處遷進數以萬計的富戶，從而有力地推動了北京經濟的發展。在明代，制磚技術空前發達，這也促進了建筑業和住宅建設的發展。

　　這個時期出現的《魯班經》、《三才圖會》等書籍，從書中的插圖可以看到，明代住宅仍沿襲了元代四合院的形式。

　　清代定都北京后，大量吸收漢文化，完全承襲了明代北京城的建筑風格，對北京的居住建筑四合院也予以了全部繼承。清代最有代表性的居住建筑是宮室式第宅，這就是官僚、地主、富商們居住的大中型四合院。清代是北京四合院發展的巔峰時期。

　　自清代后期起，中國逐漸淪為半封建半殖民地社會，北京四合院的發展也開始逐步走下坡路。在外族入侵和西方文化滲入的影響下，北京傳統住宅建筑也受到一定影響。這個時期建造的四合院，有的或多或少加進了一些西洋建筑的裝飾成分，最典型的就是圓明園式隨墻門的出現。受“西學東漸”之風影響較深的人為標榜自己為“新派”代表，也有一些在宅內興建“洋樓”的例子，但為數不多。總的來說，這個時期，北京的傳統民居基本保持了明清型制。

　　后來中國發生東方，很多原來住獨門獨院的居民已沒有能力養更多的房子，只好將多余的房子出租，以租金來補貼生活。居民的住房越來越少，院里的房客越來越多。獨門獨戶的四合院開始變成多戶雜居的大雜院。

　　到如今，四合院數量已經不多，基本都在中心城區。不過這種建筑已經得到重視，被保護起來，并多加修繕，已經變得非常事宜居住了。而且，北京四合院已經成為了景點，每年無數人過來游覽參觀，感受古建的文化魅力。